東京サミット開催の地となる東京湾の新施設「エッジ・オブ・オーシャン」。サミットが開催される5月1日には、2万2千人もの警察官が出動するというこの超巨大施設で突如、大規模爆破事件が発生！ そこには、全国の公安警察を操る警察庁の秘密組織・通称「ゼロ」に所属する安室透の影があった。サミット当日ではなく事前に起きた爆破事件と、秘密裏に動く安室の謎の行動に違和感を禁じ得ないコナン。その時、現場の証拠品に残された指紋がかつて警視庁に在籍していた毛利小五郎の指紋と一致してしまう！これは何かの陰謀なのか。小五郎の逮捕を巡って敵対し始めるコナンと安室。「極秘任務」のカウントダウンは、既に“その時”へと動き始めていた──。

「名探偵コナン」劇場版第22弾は、20作目となった『純黒の悪夢（ナイトメア）』で鮮烈なスクリーンデビューを飾り、圧倒的な人気を獲得した“安室透”がメインキャラクターとして再び登場。ある時は毛利小五郎に弟子入りする私立探偵の安室透として、またある時は黒ずくめの組織のバーボンとして、さらには公安警察の降谷零として、“3つの顔”を持つ彼の正体とは？？