人々が風と共に暮らす街・フウラシティでは、1年に1度だけ開催される“風祭り”が行われていた。祭りの最終日には伝説のポケモン・ルギアが現れて、人々はそこで恵みの風をもらう約束を、昔から交わしていたという。ポケモン初心者の女子高生、リサ。嘘がやめられなくなってしまったホラ吹き男、カガチ。自分に自信が持てない気弱な研究家、トリト。ポケモンを毛嫌いする変わり者のおばあさん、ヒスイ。森の中で一人佇む謎の少女、ラルゴ。偶然、風祭りに参加していたサトシとピカチュウは、5人の仲間たちと出会う。それぞれが悩みを抱え、パートナーのポケモンと一歩を踏み出せない中、みんなが出会うことで、運命の歯車が動き出す……。ルギアとの約束は守られるのか？ そして幻のポケモン・ゼラオラの正体とは？？