オートボットとの壮絶な戦いの末に敗北したディセプティコンが新たな仲間を率い、より凶悪に、よりパワフルに復活。ディセプティコンの新たな侵略は、現存するオートボットたちの総力を遥かに上回る、複数の建設車両からできた巨大なトランスフォーマーの"デヴァステーター"や、メガトロン以上に凶悪な"フォールン"という想像を絶するパワーを誇るトランスフォーマーたちの襲撃だった...。

12体のトランスフォーマーたちがフィーチャーされた第一作に続き、本作でのキャラクターは、なんと40体以上！戦いの場もアメリカ国内にとどまらず、パリ、ヨルダン、オマーン、上海、そしてエジプトのルクソールなど世界中が舞台となり、第一作になかったアドベンチャー感覚も加わっている。